普宁寺即希望全国各民族“安其居,乐其业,永远普宁”。乾隆亲自撰写碑文《普宁寺碑》、《平定准噶尔勒铭伊犁之碑》、《平定准噶尔后勒铭伊犁之碑》。三块碑都是用汉、满、蒙、藏、四种文字书写。三块巨大的石碑矗立在普宁寺的碑亭之中。由于清王朝政府尊重各少数民族的信仰,把各民族的团结放在首位。乾隆承袭“修建一座庙,胜养十万兵”的祖训,实现“合内外之心,成巩固之业”的目的。普宁寺也就成了西藏、蒙古诸部与清王朝政府在宗教与政治方面直接联络的主要场所。六世班禅东行朝拜皇帝时下榻在普宁寺。蒙古族喇嘛教最高领袖哲不尊丹巴图克图以及诸部王公、台吉也都定期来普宁寺朝拜。普通僧侣信众,也长途跋涉到普宁寺礼佛进香。普宁寺成为民族团结的产物,清政府联系少数民族的纽带。