整座大楼因五个椭圆而分为五个主要区域。中间部分为大堂，以 8 米高的大型石材浅浮雕《青龙赋》为主题背景，庄重而典雅，是为观众提供服务和休息的公共场地。
东、南两翼是陈列区域，陈列面积3600平方米，陈列展出千余件文物精品。新馆打破了传统的文物陈列模式，以现代博物馆传播学的新理念为宗旨，采用声、光、电等高科技手段，将文物陈列与场景复原、精美资料图片、多媒体辅助等手段有机结合，使观众能够轻松明了、愉快的认知青浦历史，解读古代上海。
“上海古文明之源”是南翼展示主题。该主题陈列以章回体小说概念和方式进行描绘，以时代演进为主线，以历代上海先民为主体，分为“6000年前的上海人——马家浜文化”、“5000年前的上海人——崧泽文化”、“4000年前的上海人——良渚文化”、“3000年前的上海人——马桥文化”和“余韵蔓延”五个单元，其中以崧泽文化和良渚文化为重点，充分运用崧泽、福泉山遗址最新的考古成果，叙述古代上海从7000多年前成陆开始，经历马家浜、崧泽、良渚、马桥等文化阶段至春秋两汉时期的发展历程，犹如一幅厚重的历史画卷展现了上海历史的“童年”，生动阐述青浦是上海古代文明发源地的史实。从而肩负起都市上海文明起源表述者的角色，彰显出青浦地域文化的特点和地位。
“申城水文化之魅”为东翼的展示主题。该陈列以抒情散文的概念和方式进行抒写，以时代为脉络，以专题版块为解说形式，由“沧海桑田”、“水乡桥话”、“水乡人家”、“港湾遗韵”和“川流汇海”五个单元组成，以海丝名镇青龙镇为展陈重点和亮点叙述和凸现唐宋时期这一东方大港的繁华气象，犹如一幅浓墨重彩的水墨长卷，生动描绘了都市水乡迷人的历史景象和文化情韵，从而主动承担起上海这城市文脉源流演绎者的角色，体现出青浦在江南文化中的显著地位和影响。
