南京六朝博物馆馆址是原六朝建康城的一部分,建设工程总投资2.5亿元,建筑面积为2.3万多平方米。其中,地下建筑面积为1.1万多平方米,地上建筑面积为1.2万平方米。六朝博物馆由世界著名建筑大师贝聿铭之子——贝建中先生领衔的贝氏资深设计团队担纲设计,体系化地将贝氏建筑模数、贝式建筑几何、贝氏建筑光影运用于此,于2014年8月11日正式对外开放。
南京六朝博物馆位于南京总统府东侧,长江路与汉府街的交会处,东侧和北侧的负一楼至三层是博物馆,六朝时期的南京城是世界上第一个人口超过百万的城市,和古罗马城并称为“世界古典文明两大中心”。