舟山市档案馆是地市级国家综合档案馆，负责永久保管和提供利用舟山市机关及其所属部门、企事业单位与有关个人的档案资料，是中共舟山市委、市人民政府直属的文化事业机构，是全市永久保管党政综合档案的基地和社会各界利用档案史料的服务中心。
舟山市档案馆充分利用馆藏档案，按照“实用、对路、超前”的原则，积极开展档案史料的编研工作。到目前为止，已编写出版和内部编印档案史料、参考资料共30余种，350万字。其中 《舟山群岛、列岛、分岛简志》《定海县志选译》《<申报>舟山史料汇编》《鸦片战争在舟山史料选编》《舟山人在海内外》《舟山记忆丛书》《浙江舟山群岛新区》以及各类大事记汇编、政策法规汇编和机构、区划汇编等，为研究舟山历史、社会发展提供了大量的档案信息。
1959年4月，省确定撤销舟山地区建制，所属各县建制也同时撤销，成立舟山县，舟山地区档案馆名称随之改为舟山县档案馆，编制5名，直属于舟山地委办公室。1962年4月，更名为舟山专区档案馆，1967年3月，因“文革”而停顿。 1971年舟山地区军管委派军代表负责对档案馆积存零散文件的整理和档案的保卫工作。 1972年11月，舟山地区档案馆恢复工作。
1977年6月，建立地委办公室档案科（对外为档案馆）。
1978年改名为舟山地区档案馆，档案馆开始恢复整顿，同年12月，中共舟山地委办公室内设档案科，与舟山地区档案馆两块牌子、一套班子，隶属于中共舟山地委办公室。
1985年底编制为9人。 1986年3月，建立舟山地区档案局（副处级），舟山地区档案馆归档案局管理。
1987年3月，舟山撤地建市，舟山地区档案局（馆）更名为舟山市档案局（馆），归市委办公室领导，市档案馆隶属市档案局领导。
1988年，根据市编委舟编(88)17号文件批复，市档案局行政编制1名，不设内设机构，市档案馆事业编制11名。在此期间，编史修志利用档案形成了一个高峰。1988年元旦，馆藏首批档案向社会开放。
1990年舟山市档案局列人市政府编制序列，归市政府办公室管理。进入九十年代，档案馆工作向标准化、规范化和制度化方向迈进，馆藏档案资料数量猛增，门类齐全，内容丰富，结构合理，档案保管条件进一步改善。
1992年2月，市档案局隶属于市政府，1992年12月，市档案局增挂“舟山市档案事务所”牌子。1993年5月局（馆）内设行秘组、业务指导组、馆内业务组。
1994年7月，市委决定市档案局、馆与定海区档案局、馆合署办公，内设办公室、业务处、保管处、定海工作处。
1995年4月，位于舟山市定海区昌国路236号的市档案馆大楼落成。 1995年9月，市档案局与市档案馆合并为一个机构，保留市档案局，对外挂市档案局和市档案馆两块牌子，归市委办领导。
1997年11月，市档案局（馆）列为参照公务员制度管理单位，12月实行舟山市档案局、馆合一体制，机构升格为市委、市政府直属正处级事业单位。
1998年5月，局（馆）“三定”方案确定，内设办公室、业务督导处、保管利用处和定海工作处，人员编制核定为21人。
2001年9月，建立中共舟山市档案局党组，市档案局和定海区档案局分离。
2002年9月，市档案局增设文件查阅服务处，对外挂“舟山市文件查阅服务中心'' 牌子。
2003年12月，市档案局文件查阅服务处改为技术处，保留舟山市文件查阅服务中心牌子。
2004年12月，被市委、市政府命名为第四批市级爱国主义教育基地。
2005年，市档案局（馆）内设处室为办公室、业务督导处、保管利用处（舟山市文件查阅服务中心）和技术处，事业人员编制核定为19人。
2010年12 月，市档案局（馆）内设处室为办公室、业务督导处、保管利用处（舟山市文件查阅服务中心）、技术处和登记备份处。
2013 年10月，舟山群岛新区（舟山市）机构改革“三定方案”市史志办公室与市档案局合署办公，市档案局与市档案馆实行局馆合一体制，市档案局（史志办公室）为由市委办公室管理的相当于正县（处）级事业单位，参照国家公务员法管理，主要负责新区（市）档案、党史、地方志工作。市档案局（史志办公室）内设办公室、业务督导处（行政许可服务处）、保管利用处（现行文件查阅服务中心）、信息科技处、登记备份管理处（档案登记备份中心）、党史文献处、地方志工作处。编制为30名。
1995年12月、1998年1月，经省档案局考评，舟山市档案馆先后被认定为省三级、省二级先进档案馆；2000年底晋升为省一级先进档案馆；2005年底，市档案局（馆）获“十五”期间全省档案事业发展综合评估先进单位称号。
