1933年，在蔡元培先生的倡议下，国民政府创建国立中央博物院筹备处，正是南京博物院的前身。原拟建“人文”“工艺”“自然”三大馆，1936年6月开工兴建，然而进行一年多后，1937年7月，抗日战争全面爆发，敌机对南京频繁轰炸，8月底不得已停工。仅建成“人文馆”，即南京博物院大殿。这座博物院的主体设计本身可以说也是馆藏的一部分，它由民国著名建筑师徐敬直设计，建筑大师梁思成修改，以辽国奉国寺为蓝本，唐辽遗风和西式建筑理念完美融合，碰撞出民国时代与中国宫殿式建筑的典范之作。
抗战期间，中央博物院筹备处连同所属的文物，迁往四川、云南等地，几经迁徙，于抗战胜利后，又回到南京。20世纪50年代初，人民政府拨款对博物院的建筑作整修、增建，至此，博物院的第一期建筑工程才最终完成。1959年，南京博物院、江苏省博物馆、江苏省文物管理委员会三单位合并，仍名南京博物院。2009年，南京博物院二期改扩建工程启动，2013年11月6日重新开放。扩建后南京博物院占地13万余平方米，形成现在我们所看到的“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。
南京博物院，中国三大博物馆之一，是中国第一个国家投资建设的大型综合性博物馆。馆藏文物四十余万件，馆藏数量居中国前三，上至旧石器时代，下迄当代，你都可以找到过往的遗存，青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列。
中央博物院的建筑设计思想是力图体现中国早期的建筑风格，以弘扬中华民族传统文化精神，同时区别于中山东路上其他几幢大屋顶的仿古建筑。辽式建筑于10-12世纪在中国北方形成，它继承了唐代的传统，又有变化。主要表现为造型朴实雄浑，屋面坡度较平缓，立面上的柱子从中心往两边逐渐加高，使檐部缓缓翘起，减弱大屋顶的沉重感。尤其是屋顶下简洁而粗壮有力的斗拱，主要是起结构受力作用，不像明清以来的建筑斗拱，装饰意味越来越浓，受力性能越来越弱。中山东路的其他几幢仿古建筑，基本上属于仿明清风格。博物院建筑委员会经过研究，决定采用辽代的式样来建造博物院。
南京博物院“一院六馆”各有侧重：历史馆常设“江苏古代文明展”，全方位呈现江苏地区古代文明的发展历程；艺术馆按照艺术品的质地分类展陈馆藏珍品；特展馆重点打造一流水平的精品展览，包括引进的外展和以院藏珍品为主的主题展览；非遗馆通过动态方式展示江苏省国家级非物质文化遗产名录项目，邀请传承人现场演示传统技艺；民国馆重点展示民国时期首都南京的社会生活风情；数字馆以网络科技和现场互动相结合的方式，带给观众全新的古代文明体验。在办好基本陈列的同时，南京博物院每年还举办数十个临时展览，包括院藏文物专题展、其他省市的文物精品展、当代艺术大师的作品展以及国外有影响的文物及艺术品展等。
20世纪80年代中期，南京博物院被确定为江苏省、南京市爱国主义教育基地，2001年又被中宣部定为“全国爱国主义教育示范基地”。特别是作为南京大学、东南大学、南京医科大学等高校的学生素质教育基地，南京博物院开辟了国内由著名高等学府和一流博物馆相结合，共建大学生第二课堂的先例。同时，还与海军指挥学院、工程兵学院等部队院校进行军民共建，利用报刊、杂志、电视、网络等普及文物知识，极大地发挥了博物馆的社会教育功能。
随着中国博物馆建设步伐的不断加快，南京博物院运营管理理念和模式正逐步从研究“物”（文物）向服务“人”（观众）转变，“一院六馆六所”的南博将在更高的发展平台上获得更大的发展空间，向集典藏、保护、研究、教育、服务于一体，具备举办各种展览、开展科学研究的软硬件基础，拥有深厚历史底蕴和鲜明特色的“国内领先、国际一流”博物馆目标稳步迈进。
