博物馆基本陈列以“水绿山青,风高民淳”为主题,展示高淳的历史人文生态。分为“原始聚落·上古城邑”、“水工兴利·圩田稼穑”、“天地人神·精神世界”、“流民播迁·族群社居”、“口传心声·文化语境”、“地产风物·人文遗珍”六个单元。 展览内容有:一万多年前的动植物化石;距今6300多年前的新石器时代“薛城遗址”的生活场景复原;伍子胥开挖世界上最古老人工运河之一——胥河的场景复原;以及比石头城早建208年的古固城场景复原和高淳老街的场景复原和3D显示;高淳道教神像画和重要非遗大马灯、跳五猖图像和光影显示;高淳作为江南水乡的历史治水壮举和现代两大支柱产业水运(含造船业)和螃蟹养殖的场景再现;被称为“古汉语活化石”的高淳方言以及高淳民风民俗的展览展示等。