阿里博物馆设有七个常设展览，展示了阿里地区独特的历史文化与自然风貌，以及新中国成立以来阿里高原地质勘察和文物考古工作取得的重要成果。具体展览包括：
极地传奇：位于博物馆一楼西南角，以自然地理知识科普为叙事视角，讲述阿里高原地理演化、资源禀赋及和谐的自然生态和生物多样性。
远古文明：位于博物馆一楼东北角，共展出文物107件，以时间线索展示了阿里地区史前时期、贵南吐蕃时期、古格王朝时期等三个历史时期的文化遗产。
民俗文化与非遗保护：位于博物馆二楼北侧，共展出文物220件，以非遗保护为核心议题，通过“ 静态展陈+动态展陈”的方式，活态化展示了阿里地区现存的非遗项目。
早期金属时代：展示了阿里地区早期金属时代的文物和历史。
古格王朝历史与文化：深入介绍了古格王朝的历史、文化和艺术成就。
其他展览：还包括其他与阿里地区历史、文化、自然相关的展览。
