南通监狱的历史可追溯至前清时期，原称“通州内外二禁”，已有近四百年历史。现代建制始于20世纪，1984年恢复劳改支队建制，1986年划归江苏省司法厅直管，1994年更名为“江苏省南通监狱”。其发展历程体现了从传统监禁到现代化管理的转型。
监狱坚定不移地贯彻执行“惩罚与改造相结合，以改造人为宗旨”的监狱工作方针，以维护安全稳定、保一方平安为首任，积极履行监狱职能，着力构建监管安全长效机制，努力提高罪犯改造质量，大力提高公正文明执法水平，全力维护监狱安全稳定，监狱各项工作全面协调发展。截止2007年底，监狱连续实现12年无罪犯脱逃、无狱内重特大案件，受到司法部通报表彰;监狱还先后被评为全省 “推进全面质量建设，创建最安全监狱”活动先进单位、安全生产先进单位和党风廉政建设先进单位。
