南京市疾病预防控制中心包括中心本部和2家医疗分支机构（金山医院和皮肤病性病专科医院），2010年有员工512人。
中心本部占地面积11.8万m2，建筑面积1.45万m2，其中实验室用房4403 m2。2010年本部有员工270人，其中有博士5人，硕士33人，具有高级专业技术职称56人、中级专业技术职称71人。
中心成立以来，以科学发展观为指导，以卫生防病工作为中心，以重大传染病预防控制为重点，全面加强疾病预防控制与实验室能力建设，疾病预防控制综合能力得到明显提高，先后圆满完成了第六届世界华商大会、“9.14”汤山特大投毒事件、传染性非典型肺炎、第十届城运会、人感染高致病性禽流感、EV71手足口病、汶川抗震救灾、甲型H1N1流感等卫生保障或疫情应急处置工作，疾病预防控制工作取得了显著成绩。
