学校前身是陶行知于1927年创办的晓庄试验乡村师范。2000年3月，原南京师范专科学校、南京教育学院、南京市晓庄师范学校合并组建成为南京晓庄学院；2014年，南京幼儿高等师范学校并入。 2017年成为江苏省省级硕士立项建设单位。 2019年，南京市人民政府和江苏省教育厅签约共建南京晓庄学院。2023年南京晓庄学院行知园获授“中国民主同盟传统教育基地”。是我国乡村师范教育发祥地，是近代中国教育家精神策源地。
纪念馆是全国第一个陶行知纪念馆。陶先生创导生活教育运动的发祥地南京晓庄师范，又是陶先生墓地所在，陶母，妹文渼，纯宜夫人也葬于此。该纪念馆已成为南京市爱国主义教育基地和中国陶行知研究会学习研究陶行知的基地。 座右铭——“捧着一颗心来，不带半根草去”，闪耀着博爱和奉献的光辉，熏陶着一代又一代的教育者。
