1938年夏，粟裕、陈毅、张鼎丞分别率领新四军先遣支队和第一、第二支队，相继从皖南挺进苏南敌后，开展抗日游击战争。1939年秋，陈毅率第一支队司令部进驻水西村。1939年11月，新四军江南指挥部在水西公开宣布成立，指挥陈毅，副指挥粟裕，统一领导第一、第二支队和苏南地方抗日武装，至次年7月，陈毅、粟裕率江南指挥部及其主力渡江北上。在这期间，陈毅、粟裕坚决执行党中央的正确指示，并从苏南抗日斗争的实际出发，创造性地运用党的三大法宝，创建、巩固和发展了以水西村为指挥中心的苏南抗日根据地，奠定了华中抗日根据地的基础，在我党党史、我军军史上谱写了辉煌的篇章。
新四军江南指挥部纪念馆是依托纪念新四军江南指挥部这一重大历史史实而建立的革命纪念馆，历经建设，纪念馆占地面积50000平方米，其中展厅面积10000平方米。分为核心区、水西村中旧址群和宋巷新四军第一支队司令部旧址群。核心区占地面积40000平方米，有六大特色点，分别是新四军江南指挥部司令部旧址、新四军江南指挥部史料展览馆、毛泽东像章陈列馆、新四军廉洁思想教育馆、陈毅元帅诗词将军法书碑廊和纪念广场；水西村中有四处景点，分别是司令部副官处旧址、通讯班旧址，政治部战地服务团旧址、印刷所旧址；距核心区2公里有宋巷新四军第一支队司令部旧址群及铁军广场等。
1938年11月，陈毅将1支队司令部设在这里。一年后，遵照中央军委命令，在这里建立新四军江南指挥部，陈毅任指挥，粟裕任副指挥，统一领导一、二支队和江南抗日武装。直到1940年初夏，按照中共中央“向南巩固、向东作战、向北发展”的战略方针，陈毅、粟裕相继率主力渡江北上，踏上开辟苏北、发展华中的征程。
新四军在水西村只有不足两年时间，但是，茅山人民没有忘记这段烽火岁月。1979年，当地重修了江南指挥部司令部旧址，1994年定名为新四军江南指挥部纪念馆，向公众展示新四军江南抗战的艰苦历程。当地流传更多的，除了新四军驰骋抗日疆场英勇杀敌的故事，就是陈毅带领新四军指战员，创造性运用党的统一战线、武装斗争和党的建设这三大法宝，创建和发展苏南抗日根据地的传奇。
初到茅山，当地民众不了解新四军，不敢接近指战员。部队战地服务团和民运工作组立即展开宣传鼓动工作，运用唱歌、演戏、贴标语、发传单、开大会、办夜校等形式，揭露日军暴行。通过各界动员会、军民联欢会、军民代表会、乡绅座谈会，以及演唱抗战戏曲等方式，宣传我党抗战主张和政策，讲解抗战必胜的道理。在水西村的军民联欢会上，陈毅登台高唱《马赛曲》，发表抗日演说。部队还时刻注意保持和发扬红军三大纪律八项注意的光荣传统，以模范的纪律获得民众的信赖。
新四军接连展开游击战，伤病员不断增加，由于日寇的严密封锁，伤病员的救治成为难题。陈毅听说茅山乾元观的辛三仙医术高明，连续四次登门拜访，与辛三仙吟诗应对，申明大义，终于消除了他的戒心和疑虑，爽快地为新四军将士疗伤医病。后来，辛三仙还与道士们商量，把乾元观变成指挥部的总医院。
为了进一步发展壮大党的力量，加强党对抗日根据地建设的领导，1939年12月，中共苏皖区委成立。几个月时间，在一、二支队活动区域建立了3个特委、14个县（工）委。使苏南各地创建的分散的游击基地，形成党的一体化领导体制。1940年春季，江南指挥部与苏皖区党委两次在水西村召开县、团以上干部联席会议，根据具体情况和基础确定任务，撤销苏南、苏皖两个特委，将全区划分为四个游击区，在各游击区设立中心县委，下设若干县委。会后，各地党组织积极建立抗日民主政府和地方武装，改选乡保政权，开展扩军、减租减息和税收工作，兴办文教、经济方面的公益事业，对团结各阶层民众抗日，巩固和建设根据地起到重要作用。
艰苦卓绝的苏南抗战，中共组织和新四军与日寇展开反扫荡、反清乡和反围剿斗争，苏南抗日根据地先后抗击和牵制日伪军10多万兵力，500多次的作战共毙伤日伪军达4万多人，新四军和地方武装共7千多位将士英勇献身。
通过纪念馆内文献资料、历史图片、珍贵文物、革命影像等历史资料，聆听感人至深的红色故事，一起追忆了那段硝烟弥漫的战争岁月，更加深入地了解了新四军江南指挥部的光辉历史，深切地感受到革命先烈们坚定的理想信念与艰苦奋斗的革命精神。
1939年，新四军江南指挥部宣告成立，统一领导江南的部队，开创了东路地区抗战的新局面。12月苏皖区党委成立，苏南敌后有了统一的领导核心。
“没有水西村，就没有茅山根据地，就没有东进，就没有苏北根据地，也就没有黄桥战役的胜利！”这句刻在纪念馆门口石壁上的题词出自王必成将军，讲述了一个普通江南村庄谱写的威震江南、功在民族的抗战故事。
抗日战争全面爆发后，新四军各支队分别向华中敌后和抗日前线开进。1939年11月7日，新四军军部决定第1、第2支队由陈毅、粟裕统一指挥，设立新四军江南指挥部。“统一指挥，统一行动，捏成拳头去打日本鬼子。”苏南抗战进入了一个新阶段。
出纪念馆，过六角亭，拾级而下，是披着军大衣的“陈毅元帅”，他左手叉腰正要说出那句“天王老子也不准入民宅”！水西村的父老乡亲至今感念陈老总，乐道新四军指战员如何与群众同甘苦、共生死。陈毅在给父亲的信中写道：“目前江南战局更大进展，儿部日益壮大，军民关系尤为良好，生平快慰之事。”
司令部旧址的天井内，还有一座洁白的花岗岩墓碑，碑面镌刻：“粟裕同志部分骨灰敬撒於此”。青山埋忠骨，粟裕同志逝世后，其夫人、子女遵照粟裕的遗愿，将其部分骨灰敬撒于展厅的天井内。
将军远去，功名流传。由最初的4000余人发展到14000余人，作为抗日战争中“东进北上”的转折地，新四军江南指挥部震慑苏南。
